最近所用でUSB付きのAVRが使いたくなったのでATXMEGA32A4Uを使い始めたんですが、
どうにもクセが多そう＆日本語情報がまだ少ないのでちょいちょいメモをしていきます。

まず引っかかったのが「PORTA単体で出力が出ない」という問題。
どういうことかと言うと、PORTAから出力(High)を出すプログラムを書いても
出力が出てこず、PORTBとPORTAから出力(High)を出してようやくPORTAから
出力が出てくる。　というこんな状況。
しかもPORTBをトグルするとPORTAから

こんな波形が出てくる始末。
許しがたい

で、原因なんですが、アナログ周りを使う用事が無かったのでAVccピンを繋いでいなかったのですが
それがいけなかったようです。
どうもPORTA““だけ””“AVccピンから電源を取ってるらしく、
AVccピンをVccに繋いだら収まりました。（俺の休日を返せ）
他のポートがHighになっている時だけPORTAからも出力が出せる
という部分はまだ気持ちが悪いままですが、動いたのでとりあえず良しとします。